Post by jone447 on Aug 2, 2023 6:02:49 GMT
用此方法通过比较传统 UV 254 与 UV 365 nm 交联来测试 RBP ELAFL1 (HuR) 的交联效率。后者将肝组织中的 RNA 回收率提高了几倍，并达到了与单层细胞培养中的交联实验相当的水平（补充图 1h）41。 图 1：测定小鼠体内 RBP-RNA 相互作用的方法。 图1 a应用于小鼠体内 PAR-CLIP (viP-CLIP) 的示意图。在 12.5 小时的时间内给小鼠注射 6 次 4SU，并在第一次给药后 15 小时处死。将完整的器
官快速冷冻、研磨并在液氮冷却下用紫外光 (365 nm) 交联。组亚洲手机号码列表织粉末细胞裂解后，在 RNase 存在下对 RNA-RBP 复合物进行免疫沉淀，进行放射性标记，将回收的 19-35 nt 大小的 RNA 连接至测序接头，用于 cDNA 文库制备和测序。b 注射方案后4SU 在组织中的掺入率 ( n = 3) 显示在 ( a ) 中。HEK293 ( n = 3) 和原代肝细胞 ( n = 3) 在
100 mM 4SU 存在下培养 16 小时，并与组织样品一起进行 4SU 掺入率的 HPLC 分析。数值为平均值±SD c尿素-PAGE 的磷光图像转移到硝酸纤维素膜上，在几种组织中对 TIAL1 进行免疫沉淀后，该膜可解析32 P 标记的 RNA-TIAL1 复合物。d免疫印迹显示 TIAL1 在小鼠器官中的组织分布。e在蛋白酶 K 处理和 15% 尿素凝胶电泳后，回收的 RNA ( c ) 所示。19 和 35 nt 长度的 5' 放射